生物制藥凈化車間設有安全的空氣凈化系統，保證物料儲藏室的無菌環境，能滿足生物制藥對高無菌環境的要求。

采用高效低毒的消毒劑，合理使用，是保證生物制藥潔凈車間無菌環境的有效措施。一般生物制藥潔凈車間采用末端過濾器不低于中高效過濾器的空調系統或新風通風系統。室內保持正壓，通風量不小于6次/h。

生物制藥潔凈車間的墻壁和天花板采用隔音、堅固、光滑、無縫隙、防火、防潮、易清潔的材料。顏色應該是淺藍色和淺綠色。拐角是圓的，以防積灰。觀片燈、藥柜、控制臺應設在墻上。車門應寬大，無門檻，便于進出平車，應避免使用彈簧門，以防止氣流使灰塵和細菌飛揚。窗戶應為雙層，最好采用鋁合金窗框，有利于防塵。窗戶玻璃應該是棕褐色的。走廊寬度不小于2.5m，以便于平車作業，避免人與人之間的碰撞。地板應由堅硬、光滑和可清洗的材料制成。地面略傾斜一角，下部設地漏，方便污水排放。為了防止污染空氣進入房間或被異物堵塞，排水孔被覆蓋。

生物制藥潔凈車間空氣凈化系統在室內墻面、凈化單元、吊頂、走廊、新風機、排風機四角設置不同級別的過濾器，定期清洗、維修、更換，嚴格保證室內空氣的無菌性；此外，除了日常的保潔工作外，層流衛生管理一點也不能放松。對室內清潔工作也有特殊要求。所有內角均為弧形結構設計， 另外，室內消毒無需采用物理或化學方法，既省力又防止外來污染進入。

生物制藥潔凈車間不僅需要高度潔凈的空氣，而且需要對氣流方向的控制。生物制藥潔凈車間形成正壓環境，使空氣從潔凈度高的工作區流向潔凈度低的工作區。一個小的、稀薄的氣流以均勻的流速被輸送到同一個方向，氣流中的灰塵顆粒和細菌被帶走并排出。目前，生物制藥潔凈車間分為垂直層流和水平層流。立式層流式高效過濾器安裝在制藥機床正上方，氣流垂直吹入，在墻壁四角設置回風口，保證制藥機床的清潔度達標。一般采用垂直層流方式，效果較好。采用的是垂直層流式。在制藥廠的頂部還設置了懸掛塔式負壓吸引系統，將工作人員呼出的空氣吸出塔外，進一步保證生物制藥潔凈廠的清潔和無菌。

潔凈車間與生物制藥消毒柜之間設圍墻，進出口設單通道。待消毒物品從車間直接通過“輸出”通道轉移到消毒柜，消毒后再通過“輸入”通道轉移到車間，避免了消毒物品在轉移過程中的二次污染。